从目前的情况来看，秸秆颗粒机的发展形势一片大好，但是任何一个行业都不可能一点问题都没有，颗粒机市场也是如此。那么这其中还有哪些不足之处需要改进呢？

首先是关于秸秆颗粒机的安全保护措施，虽然设备的设计已经有很大的改善，但是有些产品在安全方面还是不够完善，比如对于安全规范没有明确的规范，安全装置有所缺漏等等。同时还有秸秆颗粒机技术水平上的不统一，质量差的机器不仅产生达不到标准，能耗也高，而且颗粒成型率偏低，这在一定程度上增加了用户的生产成本。
其次，秸秆颗粒机的一些关键部位的选料仍然有不合理之处，由于会直接关系到设备的产量，因此要是不及时处理的话，会阻碍机械的正常运行以及颗粒饲料的品质。噪音也是秸秆颗粒机较为严重的一个问题，很大一部分是因为装配及零部件加工质量差而造成的。
其实上述的种种问题，根本原因在于行业中没有一套完整的规范体积，使得秸秆颗粒机在制造的时候没有标准依据。